ôžeme oprávnene predpokladaf, že v kláštore začali budovat knižnicu už v druhej polovici 13. storočia. Po zrušení rádu v roku 1787 bol materiál knižnice rozdelený medzi Jágrom a Budínom, ale po jeho obnovení bolo z Budína vrátených iba 90 kníh. Éra budovania dnešnej kláštornej knižnice sa začala po roku 1802 a jej fond rýchle vzrastal. Za predmníchovskej republiky do neho pribudli knižnice niektorých fár patriacich kláštoru, knižnice zrušených premonštrátskych gymnázü a knižnice prepoštstva v Lelese. Po roku 1950 sem boli včlenené i knižnice zrušených kláštorov na východnom Slovensku. Dnešný knižný fond obsahuje okolo 80 000 zväzkov z odboru teológie, filozofie, prírodovedy, zemepisu, histórie a medicíny. ČasY pővodnej zbierky sa dostala do Slovenskej národnej galérie v Bratislave, Matice slovenskej v Martine a do Slovenského technického múzea v Košiciach. Strop sály knižnice zdobia Krackerove kompozície fresiek: alegária štyroch fakúlt s postavami práva lekárstva, filozofie a teológie, alegória umenia a vedy ako pocta Ondrejovi Saubererovi, ich podporovateľovi a alegória života a smrti.